XXI w. Thomas Anderson (Keanu Reeves) na co dzień pracuje jako programista, za to prywatnie jest hakerem, działającym pod pseudonimem Neo. Nawiązuje on kontakt z tajemniczym Morfeuszem (Laurence Fishburne). Dzięki niemu dowiaduje się, że roboty, które przejęły kontrolę nad światem, umieszczają ludzi w wirtualnej rzeczywistości. Doznaniami i myślami człowieka steruje maszyna. W poszukiwaniu odpowiedzi na nurtujące go pytania Neo trafia do realnego świata. Wraz z Morfeuszem i piękna Trinity (Carrie-Anne Moss) próbuje wyzwolić ludzkość z wirtualnego więzienia.